En esta época, el siglo XV el poder el monasterio llegó a ser inmenso, convertido en la práctica en un señorío feudal. La jurisdicción permitía a la abadesa elegir y nombrar alcaldes en Palacios, Valcárcel y Montorio, pudiendo romper su clausura para ir a visitar las tierras, pedir cuentas y sancionar patrimonios. Era también juez inapelable salvo ante el Rey y dirimía pleitos y contiendas de sus vasallos.

Tantos siglos de historia como encierran los muros de este monasterio han dado forzosamente lugar a relatos, historias y tradiciones que, transmitidos de forma oral unas veces, o escritas otras, han llegado hasta nosotras.

En una antiquísima Tabla que posee la iglesia del monasterio se conserva un curioso relato anónimo sobre la fundación y primeros avatares del cenobio de Palacios en el que se confunden historia y leyenda. Dos son los relatos legendarios que se cuentan sobre los inicios del cenobio de Palacios. El martirio de 300 monjas en el siglo IX y el hallazgo del Cristo crucificado y refundación del monasterio en el siglo X.

Se cuenta que en el año 834 trescientas monjas recibieron la palma del martirio. El mismo caudillo moro Zefa que el día 6 de agosto de ese año había degollado a doscientos monjes en San Pedro de Cardeña, decidió saquear el monasterio y asesinar a todas sus habitantes.

En el presbiterio se halla una interesante pintura barroca en la que se narra el ya mencionado legendario martirio de la comunidad de monjas por los sarracenos. En el absidiolo de la cabecera se halla la capilla de los Manrique. En ella se encuentra el sepulcro de Garci Fernández Manrique, Teresa de Zúñiga y su primogénito Pedro Fernández de Manrique, restauradores del monasterio a finales del siglo XIII. Sus estatuas yacentes están talladas en madera de nogal y fueron realizadas a comienzos del siglo XIV.

El claustro mantiene la austeridad del conjunto, con arcos escarzanos que descansan en pilastras sin capitel ni adornos, salvo una imposta rectangular y llana. Hay algunas tablas con relieves de gran valor artístico, algunas de las cuales se cree que pertenecieron al primitivo altar mayor del siglo XVI.

La pieza artística más importante del monasterio es el Cristo románico de finales del siglo XI. Un crucificado de tamaño natural, solemne, recio, con los ojos abiertos y en disposición frontal, clavado en la cruz y sujeto mediante cuatro clavos, uno en cada mano y dos cruzados en los pies.

Su rostro es grave, bien definido, destaca la simetría en los cabellos, la barba y el bigote. No es un Cristo doliente sino un Dios triunfante sobre la muerte, un Cristo ya resucitado. La anatomía esquemàtica y plana, de brazos rectos y piernas verticales, totalmente frontal.

Diversos autores fijaron su cronología en la segunda mitad del siglo XII. Sin embargo, durante el proceso de restauración que en el año 2007 la “Fundación del Patrimonio Histórico de Castilla y León” llevó a cabo, se ha descubierto policromía, tanto en el anverso como en el reverso de la cruz, y la utilización de pigmentos que podrían adelantar al siglo XI su creación.

• No es casualidad que este Cristo de brazos extendidos como en un abrazo infinito, de rostro sereno más allá del dolor, de ojos grandes y mirada compasiva, acompañe y presida nuestra vida.
• A la comunidad y a todos los que se acercan a nuestra casa, el fijar nuestros ojos en él nos invita a ser hombres y mujeres de brazos abiertos, de gozo sereno y propuesta de vida, de mirada alerta y gesto compasivo.
• Porque detrás de la belleza de las piedras y de los siglos de historia se esconde el hoy que hemos de acoger y configurar.
• Porque esa mirada se posa sobre cada uno de nosotros ofreciendo y pidiendo amor y dignidad.
• Porque con nuestra actitud podemos desfigurar o transfigurar la realidad.